Morfonologija je međudisciplina koja se bavi proučavanjem fonoloških ustrojstva morfema i svih drugih morfoloških jedinica, drugim riječima bavi se proučavanjem fonoloških promjena do kojih dolazi zbog morfoloških razloga. Morfonologija se još naziva morfofonologija, a dolazi spajanjem riječi morfo i fonologija.
Morfonologija je kao međudisciplina potrebna zbog fonoloških pojava koje se ne mogu objasniti fonološkim zakonima.
Primjer
Riječ – plaštem, koja ima nastavak -em ne može se objasniti distribucijom fonema jer iza fonema -t trebali bi stajati nastavak -om kao što je to kod riječi plot, odnosno plotom.
Ovu pojavu morofonološki objašnjavamo tako što se misli na morfonem -št koji je palatalan. Ovo objašnjenje je u skladu i sa stanjem u kojem je -št palatalna jedinica.
Odgovori